浙江大学制药工程专业隶属浙江大学化学工程与生物工程学院。制药工程是一个化学、生物学、药学（中药学）和工程学交叉的工科类专业，以培养从事药品研发制造，新工艺、新设备、新品种的开发、放大和设计人才为目标。制药工程本科专业是教育部根据该学科的特殊性和制药类人才培养的需求在1998年初提出设置，同年9月浙江大学在学院内设立制药工程方向，于当年从化学工程与工艺专业的高年级学生中选招了部分学生转入该专业学习。从1999年起面向全国（含港澳）招收本科生，每年招生20名左右；2000年成立制药工程研究所，2010获批制药专业硕士学位授予点。本专业现有教职工19人，其中教授7人、研究员1人、副教授7人、高级工程师2人、助理研究员2人。
在教育部的指导下，浙江大学在化工系内首批设立了制药工程专业，制药需要化工做为坚实的基础和技术平台，化工也需要制药焕发新的光彩。过去二十年来，浙江大学制药工程专业与新时代发展同频共振，硕果累累，为医药行业培养了包括杰青、长江、高校院长、医药企业董事长、研发总监、研究院院长等大量的杰出科研人才和知名的医药企业家，同时也为浙江大学化学工程与技术学科在2016年教育部学科评估中位列A等级提供了重要支撑。
目前制药工程专业在校全日制本科生89人，年招生规模为25人左右。