浙江大学制药工程研究所成立于2000年，是由化工学院教师队伍中从事药品研发制造的人员组建而成，现有教职员工20人，其中教授（研究员）12人、副教授4人，同时近年还通过双聘、兼职方式聘请了多位院士、国内外大学教授和企业专家担任本专业的兼职教师，师资力量雄厚。制药工程研究所主导的制药工程本科专业，以及硕士和博士学位点与新时代发展同频共振，硕果累累，为医药行业培养了包括高校院长、医药企业董事长、研发总监、研究院院长等一批杰出人才。研究所还在化学工程与技术一级学科内的各个方向招收硕士、博士研究生，为国家培养既掌握药物学、又具有制药工程学能力的交叉复合型高级人才。

制药所主要从事天然药物制备技术、药物设计与合成、绿色制药技术及先进制剂技术等方向的科学研究，具体包括：天然药物提取分离纯化方法与制备工艺、天然药物分子结构修饰与药理作用、环境友好介质（如近临界水、超临界二氧化碳、离子液体等）中的药物合成和分离精制技术、药物合成中的连续管道化技术、微波反应技术、生物和合成大分子构筑靶向/缓释等药物载体系统、先进功能材料和创新剂型开发。

研究所依托生物质化工教育部重点实验室和二次资源化工国家专业实验室，科研力量雄厚，近年来牵头或参与国家科技重大专项、国家重点研发计划、国家自然科学基金重大、重点项目等国家级大项目，以及千万以上企业合作项目60余项，以第一通讯单位在Science、Nature Commun.、Adv. Mater.、J. Am. Chem. Soc.、Angew. Chem. Int. Ed.等国际顶级刊物发表SCI论文300余篇，获授权发明专利200余件，研究成果在国内多地实现产业化，产生了显著的经济和社会效益，获得国家技术发明奖二等奖等国家和省部级奖励十余项。